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據相關資料顯示，天然藥物化學研究室是藥物研究所的特色和優勢科室之一，是建國以來國內最早從事天然藥物化學研究的科室，也是“天然藥物活性物質與功能國家重點實驗室”的重要組成部分。長期以來，在基于中草藥等天然藥物活性物質的創新藥物研究方面開展了大量研究工作，做出了重要貢獻。
天然藥物化學研究室目前主要針對腫瘤、病毒感染、神經精神系統、老年疾病以及炎癥和免疫疾病等常見病和疑難疾病，開展天然藥物中新型先導化合物的發現和候選藥物研究，主要包括天然活性化合物的分離純化、結構鑒定、合成優化、修飾改造、構效關系、功能機制和成藥性等基礎研究；同時，開展基于天然藥物活性物質與功能的化合物和有效部位等創新藥物開發研究。
據李老師介紹，藥物所大批量進口實驗室常用設備的淵源可以追溯到上世紀80年代初。當時，藥物所和日本大正制藥株式會社有一個合作項目，通過大正株式會社，藥物所從日本采購了一批東京理化出品的實驗室設備，其中就包括旋蒸儀、凍干機等，那時的東京理化在中國大陸還沒有設立分支機構。
不過，藥物所和東京理化之間的合作也并非總是一帆風順，中間也因為產品密封裝置的耐腐蝕性問題出現過波折。但隨著東京理化產品問題的解決，雙方的合作又重新進入了快車道。2002年東京理化在北京建立辦事處，并隨后在上海建立工廠后，它的設備開始在藥物所多了起來。目前，僅在天然藥物化學研究室的公共實驗平臺上，就有2臺10L、1臺20L東京理化的旋蒸儀（明年3、4月份，將會再到1臺東京理化20L的旋蒸儀）；4臺凍干機中，有3臺是東京理化的產品。這些產品在天然藥物提取、溶劑回收等方面發揮著重要的作用。
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